रसायन आणि खते मंत्रालयात देशाच्या विकासासाठी काम करणाऱ्या तीन विभागांचा समावेश आहे. ते तीन विभाग आहेत:

रसायन आणि पेट्रोकेमिकल्स विभाग
खत विभाग
औषध विभाग

रसायने आणि पेट्रो-रसायने विभाग 5.7.1991. पासून रसायने आणि खते मंत्रालयाचा भाग आहे. रसायने आणि पेट्रोकेमिकल्स उद्योगांच्या धोरण, नियोजन, विकास आणि नियमनाची जबाबदारी या विभागावर सोपविण्यात आली आहे.

खत विभाग हा रसायने आणि खते मंत्रालयाच्या कक्षेत येतो. देशातील कृषी उत्पादन जास्तीत जास्त करण्यासाठी परवडणाऱ्या दरात खतांची पुरेशी आणि वेळेवर उपलब्धता सुनिश्चित करणे हा खत विभागाचा मुख्य उद्देश आहे.

उच्च संभाव्य औषध उद्योगाच्या वाढीसाठी अधिक लक्ष केंद्रित करण्यासाठी रसायने आणि खते मंत्रालयात 1 जुलै 2008 रोजी औषधनिर्माण विभागाची निर्मिती करण्यात आली.